Le corps expéditionnaire allemand, l’Afrikakorps, est composé de deux divisions blindées (les panzer divisions), élite de la Wehrmacht. Plus tard sera formée la 90ème division légère pour appuyer des effectifs qui vont en s’amenuisant.
Le commandant en chef des forces de l’Axe sur le terrain à partir de février 1941 est le général Erwin Rommel. C’est un officier allemand de la jeune génération, il a commandé une division blindée pendant la campagne de France. Il est de l’école de Guderian, l’homme qui a permis, en théorisant et en appliquant l’usage nouveau du char d’assaut, la guerre éclair (Blitzkrieg). C’est donc un chef porté sur l’offensive et le mouvement. Le désert nord-africain lui offre d’immenses espaces, mais aussi de nombreux pièges de cailloux ou de sable.
Les premières unités allemandes à peine débarquées, en mars 1941, doivent aider les Italiens au bord de l’anéantissement. Avec des effectifs très réduits, Rommel rétablit la situation et refoule les Anglais vers l’Egypte.
L'arrivée de Rommel marque une étape nouvelle de la guerre du désert. Le Général allemand surmonte les nombreuses difficultés : il récupère le matériel pris à l'ennemi, utilise ses canons antichars, normalement voués à la défensive, lors de ses attaques; il leurre les Anglais avec de faux chars, de fausses manoeuvres. C'est en Afrique qu'il gagne le surnom de «Renard du désert» qui lui restera attaché.
Rommel fait feu de tous bois mais les Anglais ne sont pas en reste. Les commandos du désert, petits groupes très bien entraînés destinés à frapper l’ennemi où il ne s’y attend pas, sont utilisés partout en Afrique. Les unités frappent durement les lignes de ravitaillement et les aérodromes de l’Axe. L’eau et le carburant viennent parfois à manquer et empêchent l’Afrikakorps d’exploiter sa supériorité militaire.